Xã Yên Từ được thành lập năm 1984 trên cơ sở chia xã Yên Phong (lúc đó thuộc huyện Tam Điệp) thành 2 xã lấy tên là xã Yên Phong và xã Yên Từ.[3]

Xã Yên Từ nằm bên tuyến kênh Nhà Lê, là tuyến đường thủy đầu tiên trong lịch sử Việt Nam nối từ kinh đô Hoa Lư đến Đèo Ngang và được xem là tuyến đường Hồ Chí Minh trên sông vì những đóng góp cho các cuộc chiến tranh của người Việt.